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脉动真空灭菌器的主体结构为内筒、外筒、隔热材料层、不锈钢内胆及柜门，具有机械联锁装置。其原理是采用真空泵排尽内筒空气，变成真空状态，然后导入蒸汽，多次抽真空和导入蒸汽交替运行，使蒸汽在室内快速散布，并渗透到灭菌物品内部，彻底消除灭菌器冷点，使空气排除量达99.5%以上，完全消除温度“死角”和“小装量”效应，确保微生物蛋白质变性凝固而灭活；灭菌内室抽至极限真空负压状态是为了更好地驱散不凝性气体，通过灭菌器夹层131～135℃高温除湿，确保灭菌后物品取出时干爽。脉动真空分为预真空与脉动真空两个阶段。预真空是真空泵对内室进行第一次抽真空，尽可能抽空内室气体，再导入纯蒸汽进行灭菌。脉动真空是多次对内室进行抽真空，导入蒸汽，让内室空气和蒸汽混合并达到一定压力，再抽真空，多次反复抽真空，导入纯蒸汽灭菌。