高压蒸汽灭菌器通常称为灭菌锅，是用于培养材料灭菌的装置。母料的生产适合使用小型便携式灭菌器或中型垂直灭菌锅。 生产原种，原料种植或熟料栽培，采用大型上海三申卧式灭菌锅。 正确使用灭菌锅，是生产保护的安全。
(1)除了具有专用蒸汽锅炉的高压蒸汽灭菌器锅的一部分之外，其他灭菌锅需要添加适量的水，然后从水中产生蒸汽。为此，加水必须注意两点，是水质，第二是水量。水质不仅要求清洁，而且好使用蒸馏水或去离子水，以免长期使用后产生水垢，影响设备的正常使用。 所需水的添加根据使用手册来进行添加，避免过多或者过少。
(2)灭菌锅装载量为了便于蒸汽在灭菌锅内畅通循环，每次装载量要适当。一般提倡留下1/5N1/4的容积，既经济又有效，特别是袋装培养料，更要预留蒸汽通道，以免影响灭菌效果。
(3)排气加热时关闭上海三申灭菌锅阀门，锅内开始升温。当锅内压力达到0.04MPa时，需要排出锅内的冷空气，这就需要打开放气阀来放出高压蒸汽灭菌器内的冷空气，否则压力和温度不能同时升高，出现低温高压的现象，影响灭菌效果
在生产中，进行熟料栽培或制作栽培种，常常用到塑料袋。下面是选择塑料袋的根据和鉴别塑料袋的一般方法。
进行常压蒸汽灭菌，可用聚乙烯塑料袋，厚度0.05～0.06毫米（5～6丝）为宜。其中高压聚乙烯塑料袋透明度高于低压聚乙烯塑料袋，但低压聚乙烯塑料的抗张强度是高压聚乙烯塑料的2.2倍（厚度相同时），且低压聚乙烯能耐120℃高温。食用菌生产中应先选用低压聚乙烯塑料袋。
进行高压蒸汽灭菌时，宜用聚丙烯塑料袋，厚度0.06毫米(6丝)为宜。聚丙烯能耐150℃高温，但其冬季柔韧性差，低温时使用应小心。
PVC塑料有毒，小于100℃软化。熟料栽培或种子生产不能使用PVC塑料袋。塑料识别可以方便的使用燃烧法。取小样，用镊子夹紧，点燃，仔细观察塑性燃烧的可燃性，火后从火焰特性特点，软化拉丝现象，可以识别样品类型。
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